- El Dr. Heinz Doofenshmirtz: Es el enemigo de Perry el Ornitorrinco. Sin embargo mantienen algo más que una relación, en el sentido de que ambos muestran amarse y odiarse el uno al otro. En el episodio La máquina del tiempo Doofenshmirtz encuentra a otro enemigo, el agente Peter el Panda, motivo por el cual Perry se siente desplazado. En ese episodio, ambos terminan en una parodia del show del Dr. Phil, con la finalidad de recibir orientación para superar la situación.
- Mayor Monogram: Es su jefe. Él le brinda indicaciones acerca de los malvados planes de Doofenshmirtz. En una ocasión le hace una broma junto con Carl y lo lleva a disfrazarse de cuervo.
- Carl: Becario de la agencia y aprendiz del Mayor Monograma, es él el encargado de tomar su cargo cuando éste está ocupado. Comparte una cierta amistad con el Mayor Monograma.
- Phineas, Ferb, Isabella y los demás personajes: Ante ellos, Perry debe proteger su identidad secreta de espía. Para lograrlo, Perry se comporta como una simple mascota que, en palabras de Phineas: "No hace gran cosa". Pese a lo anterior, en algunos episodios se ha demostrado que Perry siente gran aprecio hacia sus dueños, principalmente hacia Phineas. En el episodio Viaje al centro de Candace, Perry ataca a Doofenshmirtz al percatarse que su invento podría destruir a Phineas y Ferb; también es el caso del capitulo "Oh, ahí estás Perry!", se ve lo difícil que le resulta a Perry separarse de sus dueños cuando lo reasignaron a otra familia, también se ve que a estado con Phineas desde que eran bebes; y también en el capítulo "Al fin", casi al final del episodio, aparece Perry peleando contra Doofenshmirtz, pero todo resulta ser un sueño de Candace. Después de todo esto candace en medio del desayuno le cuenta a toda la familia lo que había soñado y asegura haber visto a Perry en un sueño como un agente secreto y ferb dice "tal vez por eso se desaparece todos los días", todos se quedan mirándolos, en ese momento entran unos militares y se llevan a su familia y Mayor Monograma dice "Han descubierto tu identidad agente P., Tendremos que reubicarte" y Perry despierta de lo que al parecer era la verdadera pesadilla, Phineas se levanta y lo mira y dice "has tenido una pesadilla Perry" y vuelven a dormir tranquilos, Perry con una gran sonrisa, por saber que no había perdido a su familia y que todo solo había sido una pesadilla, así se muestra más claramente la afinidad que tiene por sus dueños y por el resto de la familia.
- Candace: Con Candace no tiene una relación tan estrecha como con Phineas y Ferb, pero aún así ella lo trata como una mascota normal. En varios episodios se ha mostrado que Candace detesta el terrible olor que Perry despide, lo cual hace que la obligue a sacarlo del lugar de donde estén, sobre todo su habitación. En el episodio "Vuelve a casa Perry", se muestra a Candace muy preocupada por Perry, ya que cree que fue su culpa que él se haya ido a las 3:38 de la madrugada, aunque la verdad era que lo habían transferido a otra familia y villano; esto llegó al punto de que Candace apostaba a cambiar su nombre a Cucho. Si bien Perry trata de ser lo más secreto posible, Candace lo descubrió en "La balada de Barba Fea", pero creyó que estaba alucinando; Meap cuando se lo encontró en la acera, pero cada uno sólo decía "Meap" y "Prrr"; Phineas y Ferb estuvieron a punto de descubrirlo en "Un día con las Bettys" y "El fototransportador".
